染色质高级结构的形成会阻碍基因的表达。常染色质和异染色质同时存在于一条染色体上，其分布和比例会随着生理条件的改变而改变。这提示，在不同生理条件下，真核生物可通过改变基因所在染色质的疏松/紧密状态而开启或关闭某些基因。研究证实，活跃转录的常染色质中存在着H1缺乏、核心组蛋白Lys被乙酰化的现象。